Pondok Pesantren Salafiyah Syafi’iyah Al- Ishaaqy (S2A) merupakan lembaga pendidikan dibawah naungan Yayasan Haji Jali Tanah Bekali. Ponpes ini merupakan penjelmaan ide dan gagasan dari Almarhum Ishak Haji Jali Selaku orangtua Pendiri yayasan Haji Jali. Pada tanggal 11 September 2018 jatuh pada tanggal 1 muharam 1440 H, ide dan gagasan Beliau dimantapkan dan direalisasikan oleh anak-anaknya. Maka dibentuklah tim perintisan dan pendirian pesantren yang sebagian besar terdiri dari keluarga besar Haji Jali. Tim tersebut terdiri dari Bulkamri,S.Pd.I., M. Zikri, Bukhri dan H. Riduan.
Setelah melakukan bebarapa kali rapat kerja tim, melakukan survey lapangan dan studi akhirnya diputuskan didirikanlah Pondok Pesantren Salafiyah Syafi’iyah Al-Ishaaqy yang sekaligus melakukan pendidikan formal setingkat MTs. Alhamdulillah pembangunan Mushola, Asrama dan Rumah Pengasuh bejalan lancar sampai sebelum hari penerimaan santri baru dan pada tanggal 4 Juli 2019 Pondok Pesantren Salafiyah Syafi’iyah Al Ishaaqy mendapatkan santri berjumlah 51 orang putra dan putri. Ide dasar konsep pesantren ini adalah QS. Al-Isra’ ayat 84
“Katakanlah: “Tiap-tiap orang berbuat menurut keadaannya masing-masing”. Maka Tuhanmu lebih mengetahui siapa yang lebih benar jalannya. (Note: termasuk dalam pengertian keadaan disini ialah tabiat dan pengaruh alam sekitarnya.)”
Berdasarkan amanat ayat di atas, maka pesantren diformat dalam bentuk integral, sehingga dalam pengelolaannya ke depan harus benar-benar bisa memadukan antara nilai-nilai keIslaman dengan keilmuan (intelektual) dan ketrampilan (skill) dengan output minimal berupa santri yang memiliki aqidah lurus, mandiri dan produktif, sesuai dengan keadaannya (potensi/bakat/ kecenderungan) masing-masing.